几乎所有关于工作流自动化的出版专著，发布会和研讨会都会提及企业流程再造，人们对于这两者的认同也是趋于一致。分析人士也喜欢用企业流程再造来描述工作流自动化，因为前者比简单的解决方案有更多的发挥空间。媒体在关于工作流自动化的新闻报道上喜欢用企业流程再造这个字眼，因为销售商更愿意表达他们的产品是如何改变客户的工作方式的。除此之外，关于企业流程再造的书籍和论文也比工作流自动化的多得多。
对于用户而言，必须了解这两者之间是有差异的，并不是同一个事物。
工作流自动化纯粹是软件业提供将工作流程自动化解决方案的范畴。
企业流程再造是分析企业的业务流程，并为了某些方面提高的目标对流程进行修改的行为。是科学、艺术、老练的技术和敏锐的业务能力的组合。
任何组织都可以无须进行企业流程再造而通过工作流自动化软件将业务流程自动化。同样，他们也无须通过工作流自动化而进行企业流程再造。当然，企业也可以进行流程再造并导入工作流自动化软件，以使流程再造的效果更为明显。但没有理由认为两者必须相辅相成或是同一个东西。
这一错误认识是由于工作流自动化的概念接受度较慢引起的。工作流自动化是提升企业生产力的解决方案（工具）。而企业流程再造的概念是改变企业现有工作方式，而改变往往包含了恐惧、不确定性、政策因素和反抗情绪。当工作流自动化被或明确或暗示地等同于企业流程再造的时候，这些恐惧、不确定性、政策因素和反抗情绪阻碍了概念的传播。