工作流软件应该完成以下四个主要功能（这些功能是企业应用程序集成（Enterprise Application Integration，EAI）的一部分）：充当垂直应用程序的组件；与应用程序集成软件很好地一起工作；成为协作应用程序的"粘合剂"；适应 Web 服务体系结构。
作为垂直应用程序的组件（用于诸如银行业和保险业这样的企业行业），工作流应用程序应该通过跨组织共享的直观的图形工具来增强开发和业务范围之间的交互。对于像制造业这样的行业，工作流应用程序应该增强生产的灵活性并使生产系统负载均衡。在流程和组织发生改变时，工作流应用程序应该能够很容易更新工作流。最后一点，但并非最不重要的是，工作流应用程序应该通过对业务流程进行标准化和监督帮助企业遵守政府和组织条例。
为了与应用程序集成软件 API 很好地合作，工作流应用程序应该提供灵活的 Java 支持，这种支持将使工作流应用程序能够与 Web 应用程序和其他 IT 应用程序集成，同时应该支持与现有企业应用程序的集成。举例来说，工作流应用程序应该能够支持外部主机工作流系统中嵌入的工作流。
从前面提到的两种观点来看，工作流应用程序应该成为合作应用程序的“粘合剂”。合作应用程序通常指由其他需要执行任务的应用程序／Web 服务构建的应用程序以及管理所有的交互作用和数据流的应用程序。合作应用程序也可以指基于人的业务流程的自动化和流水线化，这样工作流的相关人员作为个人来说生产力更高，而在小组中显得更为重要。